Fanarbeit Schweiz vertritt in nationalen Gremien die lokalen Fanarbeitsstellen und so indirekt auch die verschiedenen Fanszenen mit ihren Fans. Zurzeit sitzt sie in der Koordinationsgruppe GiUS (Gewalt im Umfeld von Sportveranstaltungen) ein und arbeitet situativ auch in Gremien der KKJPD (Konferenz der kantonalen Justiz- und Polizeidirektorinnen und -direktoren) mit. Dabei geht es der Fanarbeit Schweiz um eine realistische Einschätzung der Fanthematik und um Ideen und Lösungen, die eine lebendige Fankultur unterstützen.
Auch die Vernetzung in das Bundeshaus ist durch Fanarbeit Schweiz gewährleistet, indem eine parlamentarische Gruppe betreut wird, mit der man im regelmässigen Austausch steht.